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核酸酶
核酸分解的第一步是水解核苷酸之间的磷酸二酯键，在高等动植物中都有作用于磷酸二酯键的核酸酶。
基本信息不同来源的核酸酶，其专一性、作用方式都有所不同。有些核酸酶只能作用于rna，称为核糖核酸酶（rnase），有些核酸酶只能作用于dna，称为脱氧核糖核酸酶（dnase），有些核酸酶专一性较低，既能作用于rna也能作用于dna，因此统称为核酸酶（nuclease）。根据核酸酶作用的位置不同，又可将核酸酶分为核酸外切酶（exonuclease）和核酸内切酶（endonuclease）。
分类核酸酶有些核酸酶能从dna或rna链的一端逐个水解下单核苷酸，所以称为核酸外切酶。只作用于dna的核酸外切酶称为脱氧核糖核酸外切酶，只作用于rna的核酸外切酶称为核糖核酸外切酶；也有一些核酸外切酶可以作用于dna或rna。核酸外切酶从3′端开始逐个水解核苷酸，称为3′→5′外切酶，例如，蛇毒磷酸二酯酶即是一种3′→5′外切酶，水解产物为5′核苷酸；核酸外切酶从5′端开始逐个水解核苷酸，称为5′→3′外切酶，例如：牛脾磷酸二酯酶即是一种5′→3′外切酶，水解产物为3′核苷酸。
核酸内切酶核酸内切酶催化水解多核苷酸内部的磷酸二酯键。有些核酸内切酶仅水解5′磷酸二酯键，把磷酸基团留在3′位置上，称为5′-内切酶；而有些仅水解3′-磷酸二酯键，把磷酸基团留在5′位置上，称为3′-内切酶。还有一些核酸内切酶对磷酸酯键一侧的碱基有专一要求，例如胰脏核糖核酸酶（rnasea）即是一种高度专一性核酸内切酶，它作用于嘧啶核苷酸的c′3上的磷酸根和相邻核苷酸的c′5之间的键，产物为3′嘧啶单核苷酸或以3′嘧啶核苷酸结尾的低聚核苷酸。

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